Të premten e 10 shkurtit të vitit 2006, Fatmir Sejdiu mori postin e presidentit të Kosovës. Me 80 vota për, 12 kundër dhe 17 të pavlefshme, Sejdiu u zgjedh president pas tri raunde votimi.
Ai ishte kandidati i vetëm i propozuar nga Lidhja Demokratike e Kosovës (LDK). Kështu kryetari Sejdiu do të vazhdonte mandatin e ish-kryetarit Ibrahim Rugova deri në zgjedhjet e ardhshme parlamentare.
Në seancën solemne të Kuvendit për zgjedhjen e presidentit atëherë ishin të pranishëm 110 deputetë.
Por Sejdiu nuk mundi ta përfundonte mandatin e tij pesë vjeçar, ashtu siç është e paraparë edhe me Kushtetutë.
Më 27 shtator 2010, ai dha dorëheqje pasi Gjykata Kushtetuese konstatoi se kishte bërë shkelje të rëndë me mbajtjen e postit të presidentit dhe atij të kryetarit të LDK-së, ndonëse me funksione të ngrira.
Sejdiu e bëri publik vendimin për dorëheqje gjatë një konference për media ku tha se postin e presidentit e kishte ushtruar me përgjegjësi dhe përkushtim të plotë.
“Të dashur qytetarë të Republikës së Kosovës. Sot unë kam dhënë dorëheqje nga pozita e Presidentit të Republikës së Kosovës. Që nga 10 shkurti i vitit 2006, si President i Republikës së Kosovës dhe i të gjithë qytetarëve të saj, kam ushtruar këtë funksion me përgjegjësi, me përkushtim të plotë dhe ndërgjegje të pastër, gjithnjë duke pasur si udhërrëfyes themelor interesin e qytetarëve dhe të vendit tonë të dashur. Unë, tërë jetën time i kam respektuar institucionet që dalin nga vota e lirë e qytetarëve. Unë kam punuar për të realizuar vullnetin politik të popullit të Kosovës për liri dhe pavarësi dhe kam udhëhequr me përgjegjësi të plotë procesin e pavarësimit të vendit tonë", pati thënë Sejdiu.
Ai u shpreh se vendimin për dorëheqje e kishte marrë pikërisht për të respektuar Kushtetuesen si instancën më të lartë juridike.
Fatmir Sejdiu u lind më 23 tetor 1951 në Pakashticë të Besianës, ndërsa jeton në Prishtinë. Ka të kryer Fakultetin Juridik në Universitetin e Prishtinës dhe ka fituar gradën e Doktorit të Shkencave Juridike në këtë universitet.
