Rritja e temperaturës në liqenin e Ohrit mund të ketë një efekt shkatërrues, por më kritike është me liqenin e Prespës
Rritja e temperaturës së ujit në liqenin e Ohrit në afat të gjatë mund të ketë një efekt shkatërrues në botën e gjallë, florën dhe faunën, por edhe në eko sistemet tokësore Hulumtimet e viteve të fundit tregojnë se ka një rritje relative të temperaturës mesatare vjetore të ujit liqeni me 0.2 gradë, gjë që do të lërë pas pasoja negative, por situata me liqenin e Prespës është shumë më e keqe për shkak të tërheqjes së ujit.
Ndryshimet klimatike, si rezultat i sjelljes së pakujdesshme të njeriut, po shkaktojnë dëme të mëdha në të dy liqenet, por më i rrezikuari është liqeni i Prespës.
Ndryshe, përveç ndryshimeve klimatike, liqenet janë të ekspozuar ndaj shkarkimit të ujërave të zeza, ndotjes, peshkimit të paqëndrueshëm dhe humbjes së habitatit.
