Periudha opozitare 1997-2005 ishte nga më interesantet në jetën e Sali Berishës. Socialistët e ardhur në pushtet përmes “revolucionit të vonuar”, siç e kishte cilësuar akademiku Rexhep Qosja, kryengritjen e vitit 1997, morën revansh kundër opozitës dhe kreut të saj. U arrestuan gjashtë funksionarë të lartë të Partisë Demokratike, mes të cilëve ish-ministri i Mbrojtjes, Safet Zhulali, me akuzën për “krime kundër njerëzimit”! Qëllimi ishte të kalohej përgjegjësia e kryengritjes së armatosur e vitit 1997 te demokratët, ndërkohë që ishin socialistët organizatorët e saj. Shumica parlamentare ushtroi dhunë institucionale dhe fizike kundër demokratëve. Një deputet i Partisë Socialiste qëlloi në sallën e parlamentit mbi Azem Hajdarin dhe e plagosi atë rëndë. Ndërkohë kundër Azem Hajdarit dhe Sali Berishës u organizuan atentate të tjera si në Laç e në Tropojë. Ndërsa një tjetër eksponent i PD-së dhe deputet i parlamentit nga Tropoja u arrestua. Në këto kushte një nga liderët e opozitës, ish kryetari i Parlamentit Shqiptar, Pjetër Arbnori, i cilësuar edhe si “Mandela i Shqipërisë”, për shkak se kishte bërë 28 vite burg politik, u fut në grevë urie në një nga zyrat e kryesisë së Kuvendit të Shqipërisë. Greva e urisë e Pjetër Arbnorit e sensibilizoi jo vetëm faktorin e brendshëm, por edhe atë ndërkombëtar. Arbnori u bë i njohur jo vetëm me vuajtjet e tij unike nga persekutimi dhe burgosjet e regjimit komunist, as edhe vetëm nga krijimtaria që ai prodhoi. U bë i njohur gjithashtu me etiketën që u vendosi socialistëve: “Këta nuk janë socialistë, tha ai. Këta janë specialistë”! Dhe e përkufizoi në një fjali karakterin e intrigës së liderëve të Partisë Socialiste.
Komoditeti i shumicës së kartonave në parlament i lejoi socialistët e Nanos të uzurpojnë të gjitha pushtetet. Ndërkohë situata në Kosovë u shfrytëzua prej tyre për të ushtruar dhunë kundër opozitës. Më 12 shtator 1998 eksponentë të policisë shqiptare, të grupuar në një bandë terroristësh, vranë liderin e protestave të studentëve të dhjetorit 1990, tribunin Azem Hajdari. Ndërsa më 21 shtator, një javë më vonë, njerëz të lidhur me SHIK-un e Fatos Klosit eliminuan fizikisht ministrin e Mbrojtjes së Qeverisë së Republikës së Kosovës në ekzil, Ahmet Krasniqi.
Vrasja e Azem Hajdarit shkaktoi zemrimin e demokratëve dhe të opozitës shqiptare. Ata u ngritën në protestë të dhunshme dhe i vinë flakën kryeministrisë më 14 shtator 1998. Këto protesta e reagimet e tyre u shfrytëzuan për ta akuzuar Sali Berishën për “grusht shteti”. Aparati i jashtëqitjes propagandistike të qeverisë dhe institucioneve të tjera të vendit nuk lanë rast e fjalë pa përdorur me akuza kundër “opozitës destruktive” të Shqipërisë. Destruktiviteti i faturohej gjithnjë “malokut” dhe “arkaikut” erudit, Sali Berisha. Gati sa nuk po i faturohej Berishës edhe vrasja e Azem Hajdarit. Aq e fuqishme ishte dhe mbetet propaganda e rilindësve socialistë, sa para pak ditësh dikush në Kosovë thoshte se “Ibrahim Rugovën e helmoi Sali Berisha”! Jetojmë në një kohë çmendurish të paimagjinueshme. Njerëzit tanë janë ende të indoktrinuar me urrejtje në atë masë sa nuk dinë çfarë thonë e çfarë besojnë. Po pse kjo urrejtje? Sepse e majta, në rastin konkret liderët socialistë të Shqipërisë, nuk pajtohen me humbjen e pushtetit në vitin 1992. Aq më tepër që këtë largim nga pushteti e përjetuan si sfidë të një “maloku”! Sipas tyre “malokët” nuk janë për qeverisje. Sepse ata nuk dinë të mashtrojnë dhe të gënjejnë. Qeverisja, për socialistët e majtë, është mjeshtri e gënjeshtrës dhe e mashtrimit. Dhe këtë profesion e kryejnë me perfeksionizëm pasardhësit e ish-komunistëve të Zonës së Parë Operative.
Në këto kushte trysnie të jashtëzakonshme Berisha ishte thuajse i izoluar edhe në kontaktet me demokratët e zonave në jug të Shqipërisë. Pas rënies nga pushteti ai për her të parë shkoi në Vlorë më 14 maj 2000. Ishte një vizitë nën një tension të jashtëzakonshëm. SHIK-u i Fatos Klosit kishte bërë plane për eliminimin e tij fizik gjatë asaj vizite të kreut të opozitës në Vlorë. Aq serioze ishte situata, sa ambasadori amerikan në Shqipëri, Joseph Limpreht, u detyrua të deklarojë se është detyrë e qeverisë të garantojë lëvizjen e lirë të politikanëve të opozitës në të gjithë vendin. Ishte kjo një deklaratë si paralajmërim të planeve të kreut të SHIK të kohës për eliminimin e Sali Berishës, mundësisht përmes angazhimit të nëdonjë malësori. Një prej tyre, Ismet Haxhia, e denoncoi publikisht këtë plan në një paraqitje të tij në gjykatën e Tiranës, gjatë deponimeve për vrasjen e Azem Hajdarit.
Edhe më parë u bënë përpjekje për ta eliminuar Sali Berishën fizikisht. Në Shkallnur të Durrësit një person i hodhi atij një granatë dore gjatë mitingut elektoral për zgjedhjet e qershorit 1997. Fatmirësisht granata nuk u aktivizua, me sa duket për shkak të emocioneve të atentatorit. Por vepra për likuidimin fizik të kreut të opozitës u konsumua. Atentatori ka deponuar edhe emrin e politikanit socialist, që e kishte ngarkuar dhe paguar për këtë akt terrorist kundër Berishës. Megjithatë, emri i tij mbeti thuajse sekret për publikun. Po ashtu në Tropojë i patën ngritur një kurth, një pritë me armë, gjatë një vizite që Berisha ishte nisur ta kryente në qytetin e tij të vendlindjes. Ndërsa më 28 nëntor 2000, ditën e pavarësisë së Shqipërisë, në orën 24.00 në mesnatës, policia e Shtetit e arrestoi Sali Berishën tek kishte dalë nga zyra e tij për të shkuar në shtëpi. Arrestimi i tij shkaktoi zemrimin e demokratëve dhe për shkak të tensionimit të situatës e me ndërhyrjen e trupit diplomatik në Shqipëri, ai u lirua pas tri orësh nga ambjentete e Komisariatit të Policisë së Tiranës. Askush nuk e mori vesh se cila ishte akuza dhe çfarë krimi kishte kryer ai. Megjithatë e dërguan në dhomat e policisë, ndoshta edhe për të demonstruar forcën e pushtetit kundër tij dhe opozitës shqiptare.
Në këto kushte terrori e tensioni erdhi koha kur do të bëheshin zgjedhjet e reja parlamentare. Në maj të vitit 2001 u bënë zgjedhjet e para parlamentare pas asaj që quhet rebelim apo kryengritje e vitit 1997. Partia Socialiste u shpall fituese e këtyre zgjedhjeve. Por, siç do të dëshmohej më pas, zgjedhjet u grabitën nga pushteti. De facto opozita dhe Sali Berisha ishin rikthyer në pushtet, por zgjedhjet dhe votat u vodhën në kutitë e votimit. Opozita dhe Sali Berisha protestuan dhe bënë akuza të forta për manipulimin e zgjedhjeve. Më pas krijuan dosjen e manipulimit të tyre. Mblodhën fakte dhe prova të shumta për këtë, aq sa Bashkimi Evropian dhe Këshilli i Evropës, së bashku me OSBE-në, pranuan manipulimin dhe tjetërsimin e rezultatit zgjedhor. Për këtë arsye ata imponuan që presidenti i Republikës të ishte propozim i opozitës, përkatësisht i Partisë Demokratike. Kjo solli që president i Shqipërisë të ishte Alfred Moisiu. Propoozimi ishte i Sali Berishës, pa çka se Moisiu asnjë ditë nuk u gjend në krah të atij që e propozoi për kryetar shteti. Ai lidhi aleancë me kryetarin e Bashkisë së Tiranës, më vonë kryetar i Partisë Socialiste e akoma më vonë kryeministër i Shqipërisë, Edi Rama. Nuk dihen arsyet e kësaj aleance të panatyrshme. Nëse bëhet fjalë se Berisha ishte i pakompromis me Moisiun dhe Rama ishte për bashkëpunim me të, arsyeja njerëzore nuk e pranon këtë. Sepse Edi Rama akoma më shumë se sa Berisha nuk bën kompromise, nëse interesat e tij nuk përputhen me interesat, në rastin konkret të presidentit të vendit. Fatkeqësisht e njëjta gjë ndodhi edhe me pasuesin e Alfred Moisiut, pra me ish-zëvendësin e Berishës në Partinë Demokratike, Bamir Topin. Kur ai ishte presidenti i vendit, në zgjedhjet e 11 majit 2001 për kreun e Bashkisë së Tiranës, mediet zbuluan se ai votoi për Edi Ramën dhe jo për kandidatin e Partisë Demokratike, e cila e çoi atë në karrigen e presidentit.
Deri në vitin 2001 era amerikane fryente kundër perspektivës së rikthimit të Sali Berishës në pushtet. Por në këtë kohë erdhi në Shtëpinë e Bardhë, George W. Bush. Sali Berisha ishte mik i familjes Bush. Ai ishte ndër të paktët liderë botërorë që u prit në fermën e kësaj familjeje në Taxas të SHBA-ve në fillim të vitieve 1990. U vizitua prej ish-presidentit George S. Bush në gusht të vitit 1996 në Vlorë. Bush shoqërohej nga shefi i Shtabit të Forcave Amerikane të Armatosura, Colin Pawell. Vizita u bë në vilën qeveritare të Vlorës. Bush dhe Berisha qëndruan në atë vilë për 24 orë, por deri tani askush nuk e di se çfarë është bisëduar aty dhe nuk dihet nëse do të zbardhet ndonjëherë.
Por koha kur Bush Senjor vizitoi Berishën ishte shumë e vështirë për presidentin e Shqipërisë. Kishin ndodhur ngjarjet e zgjedhjeve të 26 majit, të cilat nuk u njohën nga ODHIR dhe OSBE. Ishte një goditje dërmuese kjo për Shqipërinë e sidomos për pushtetin e Sali Berishës. Dhe dukej se kishte një agresion anti-Berishë, sepse raportet e vëzhguesve ndërkombëtarë nuk e përmendën fare bojkotin e socialistëve gjatë numërimit të votave. Megjithëse manipulimi i zgjedhjeve të 26 majit ishte produkt i bojkotit të socialistëve të Gramoz Ruçit, OSBE-ODIHR bëri me përgjegjësi të plotë vetëm qeverinë. Qeveria dhe presidenti Berisha u gjendën të papërgatitur për të përballuar skenarë të tillë shokues kundër pushtetit të demokratëve. Dy ditë pas zgjedhjeve të 26 majit opozita e socialistëve zhvilloi një protestë në sheshin “Skënderbej” të kryeqytetit. Policia reagoi ahpër dhe madje në perceptimin e shumë njerëzve pa nevojë. U goditën disa eksponentë të opozitës socialiste. Por qenia në opozitë është mjeti i shërimit të plagëve. Ndërkohë ndryshuan edhe ekulibrat e politikës amerikane.
Ardhja e George W. Bush, pinjollit të familjes Bush të Texasit, si president i SHBA-ve i ndryshoi balancat në përkrahjen amerikane ndaj Sali Berishës. Ky faktor, së bashku me faktin që pushteti ishte agresiv kundër opozitës, çoi në rikthimin e Doktorit në pushtet në zgjedhjet e qershorit 2005. Por tashmë jo më si president, por si kryeministër i Shqipërisë. Kësisoj filloi një epokë e re në karrierën politike të Sali Berishës. Përveç kësaj rikthimi i tij erdhi për shkak të politikave gjithëpërfshirëse të tij. Askujt nuk ia kishte marrë mendja se kundërshtarët e tij brenda partisë, të cilët kishin krijuar partitë e tyre anti-Berishë, do t’i bashkoheshin atij, madje do të shkrinin edhe partitë e tyre për t’u njësuar me Partinë Demokratike të Sali Berishës. Me këtë bashkim dhe format e reja të opozitarizmit, Partia Demokratike dhe Sali Berisha u rikthyen në pushtet në zgjedhjet e rregullta parlamentare të fillimit të korrikut 2005.
Kur Doktori fitoi zgjedhjet dhe filloi funksionin e kryeministrit, ai i befasoi edhe militantët e partisë, sepse mori shef të kabinetit Arben Imamin. Imami ishte shfaqur si “armik” i Sali Berishës gjatë trazirave dhe revoltës së vitit 1997. Imami njihej si politikan shumë i afërt me socialistët, për shkak të kontributit të tij të përbashkët në kryengritjen e armatosur në jug të vendit. Ndërsa pas tetë vitesh do të punonte si njeriu më i afërt i Doktorit. Do të duhet ta shpjegojnë ata të dy këtë dukuri, por në perceptimin e publikut kishte të bënte me tolerancën e Sali Berishës, si dhe me kompromiset që ai duhej të bënte për ta sjellë opozitën në pushtet. Ndërkohë që duhet thënë se Arben Imami ishte dhe mbeti një konservator tipik në Partinë Demokratike, një demokrat i spikatur në kohën sa u angazhua në këtë parti, pavarësisht ndarjes së tij në fillim të viteve 1990 nga kjo parti.
