Faza e dytë e qeverisjes së Berishës (2005-2013) ishte periudha më e suksesshme në karrierën politike të tij. Sidomos mandati i parë i tij, 2005-2009, kur ai dhe PD qeverisën të vetëm Shqipërinë. Periudha prej 2005-2009 është koha kur Shqipëria firmosi Marrëveshjen e Stabilizim Asocimit me Bashkimin Evropian, marrëveshje të cilën në tetë vite në pushtet nuk arritën ta finalizon socialistët. Kryesisht për shkak të korrupsionit të shfrenuar në administrimin e vendit. Kjo periudhë shënoi gjithashtu ngjarjen më madhore historike të vendit, marrjen e ftesës (prill 2008) dhe pranimin e Shqipërisë në NATO (5 prill 2009). Para pranimit në NATO ndodhi një ngjarje tjetër historike: - Për herë të parë në historinë e marrëdhënieve midis SHBA-ve dhe Shqipërisë erdhi për vizitë në Tiranë një president në detyrë i SHBA-ve, George W. Bush. Ishte data e dhjetë qershorit 2007, kur dita kur shqiptarët u ndjenë aq krenarë dhe bota u befasua me këtë vizitë.
George W. Bush e vizitoi Shqipërinë me ftesë të kryeministrit Sali Berisha dhe u prit me ceremoni madhështore prej tij. Në konferencën për shtyp me Berishën presidenti amerikan lëshoi dhe fjalinë e famshme, të skalitur tashmë në historinë e Kosovës e të shqiptarëve: “Mjaft është mjaft. Tashmë Kosova është e pavarur”! Ishte ndikimi direkt i Doktorit shkaku kryesor i kësaj deklarate, sepse Bush e parapriu atë me thënien: “Tani unë e di se çfarë dëshiron Berisha të them”! Dy ditë para kësaj vizite ishin mbledhur në Gjermani liderët e shteteve të G7+Rusia, në të cilën u vendos që të zhvilloheshin bisedime shtesë midis Kosovës dhe Serbisë për statusin e Kosovës. Deklarata e presidentit Bush zhvleftësoi drejtpërdrejt edhe atë vendim, që me sa duket u mor në trysninë e aleatëve të tjerë, sidomos të presidentit francez, Sarkosy. Bisedimet shtesë përfunduan në dhjetor 2007 pa rezultat dhe kësisoj mbeti në fuqi Plani Ahtisaari.
Kundërshtarët politikë të Berishës, socialistët e Edi Ramës, e panë viizitën e presidentit amerikan George W. Bush, me shume xhelozi dhe u përpoqën që ta sfumojnë atë me një lajm të rremë, sikur gjatë takimit të tij me banorët e Fushë-Krujës atij iu vodh ora. Ishte një shpikje dhe shpifje, të cilën do ta shihnim më vonë si manipulim në rastin e Griseldës së Roshit të Kavajës, për të cilën Erion Veliaj gënjeu opinionin ndërkombëtar kur tha se “regjimi i Berishës kishte dhunuar gruan shtatzënë të kryetarit të Bashkisë së Kavajës”. Duke përsëritur kështu ngjarjen me Marigonë në komedinë “14 vjeç dhëndër”!
Megjithatë vizita e George W. Bush ishte rezultat jo vetëm i qeverisjes së mirë në atë periudhë në vendin tonë. Por edhe e angazhimit serioz në partneritetin dhe aleancën e qeverisë së Sali Berishës me SHBA-të, me NATO-n dhe me Bashkimin Europian. Nuk ka shans të besohet se një president amerikan mund ta vizitonte një vend të vogël si Shqipëria pa kushtin e domozdoshëm që liderët e saj të ishin aq të dinjitetshëm dhe me integritet, sa ta meritonin këtë vizitë. Kjo duket në kohët e sotme. Po jap vetëm një shembull: - Prej kur kryeministri i Shqipërisë, Edi Rama, përmendet në proceset gjyqësore të shefit të FBI-së amerikane, McGonigal, si bashkëpunëtor në korruptimin e tij, ai është i lirë të shkojë në SHBA vetëm kur mblidhet Asambleja e Përgjithshme e Kombeve të Bashkuara, ose për vizita private. Edhe në këto raste mungojnë fotot dhe takimet me politikanët e lartë amerikanë, përveç atyre protokollare. Çka do të thotë se amerikanët i ndërtojnë marrëdhëniet dhe aleancat bazuar në koncepte e parime që lidhen me integritetin e liderëve politikë.
Në periudhën e parë të qeverisjes së dytë Berisha dhe qeveria e tij realizuan reforma të mëdha dhe shumë të rëndësishme. Por gjatë kësaj periudhe një ngjarje e rëndë, ajo e Gërdecit, e dobësoi autoritetin dhe rolin e tij politik. Më 15 mars 2008, vetëm 15-20 ditë para se Shqipëria të merrte ftesën për t’u pranuar në NATO, ndodhi shpërthimi në impiantin e demontimit të armëve në Gërdec, ku humbën jetën 26 persona dhe u shkatërruan ose dëmtuan dhjetëra shtëpi banimi. Ishte një shpërthim tektonik, nëse kemi parasysh atë ditë. Bota u mbush me lajmin e zi të kësaj ngjarjeje dhe qeveria u vu në panik. Ishte një goditje e rëndë për qeverisjen e Sali Berishës, por edhe për Shqipërinë. Ajo ngjarje shënohet si një nga aktet më makabre në historinë tonë të re.
Janë dhënë shumë versione dhe janë bërë analiza, komente, opinione të panumërta për këtë ngjarje. Shumica dërmuese prej tyre fajësojnë ish-kryeministrin Berisha. Mediet pranë ish-opozitës së Edi Ramës akuzuan atëherë se në këtë ngjarje ishte përfshirë edhe djali i kryeministrit. Zgjodhën gjithashtu të komprementonin një tregtar municionesh në SHBA, i cili kishte lidhje me tregtinë e tyre në Shqipëri me vende të ndryshme të botës. Me këtë episod u mbushën gazetat dhe mediet shqiptare e të huaja. Akuza mbeti, edhe pse në gjyqin kundër amerikanit që tregtoi municione në Shqipëri, i cili u zhvillua në SHBA, i akuzuari pohoi se gjithçka kishte thënë kundër djalit të kryeministrit shqiptar ishte sajesë e lansuar nga kundërshtarët politikë të Berishës. Por kjo nuk pati jehonë aq të madhe.
Gjithçka i stërzmadhua dhe u hiperbolizua. Sigurisht që qeveria kishte përgjegjësi për ngjarjen e Gërdecit. Ai që qeveris një vend apo një familje, është përgjegjës për sigurinë e tij/saj. Qeveria ishte përgjegjëse, kishte gabimet e saj të padiskutueshme së paku në kontrollin dhe përzgjedhjen e atyre që merreshin me demontimin e armëve në Gërdec. Duhej përzgjedhur dikush që ishte patriot dhe e donte Shqipërinë. Jo një sipërmarrës që nuk kishte asnjë lidhje me dashurinë për atdheun e shqiptarëve. Unë besoj se në dështimin e qeverisë së Berishës në këtë rast ka patur ndikim euforia, sidomos në ministrinë e Mbrojtjes, e cila ishte përgjegjëse për këtë aktivitet. Por në fund të ditës gjithkush e kupton se qeveria e kryeministri nuk kishin asnjë interes të ndodhte Gërdeci dhe ngjarja e tij e tmerrshme. Asnjë qeveri në botë, e çfarëdolloj qoftë, nuk do të dëshironte të vetëvritej me akte të tilla.
Kjo sepse të gjithë koston politike do ta kishte mbi supe pikërisht kjo qeveri. Dhe kostoja u shfaq në zgjedhjet e vitit 2009, kur Partia Demokratike për shkak të numrave u detyrua ta ndajë pushtetin me LSI-në. Kjo sepse rrezikonte marrjen e ftesës për t’u pranuar në Aleancën Atlantike dhe ky do të ishte dështimi më i madh i qeverisë dhe i Shqipërisë. Nuk ka qeveri shqiptare, as në ndonjë vend tjetër perendimor, që të jetë e interesuar të dështojë me akte të tilla. Megjithatë qeveria dhe institucionet ligj zbatuese të vendit do të duhej t’i sqaronin deri në detaje pse ndodhi Gërdeci? Kush e sponsorizoi dhe e kreu atë akt terrorist të shëmtuar? A kishte të bënte kjo me dëshirën e shërbimeve të vendeve armike që vendi ynë të mos bëhej anëtar i NATO-s? Asgjë nga këto nuk është bërë e qartë. Ndërkohë që opozita socialiste e shfrytëzoi ngjarjen për t’i dhënë një goditje të madhe qeverisë së Berishës dhe interesave të vendit në përgjithësi. Edhe sot e kësaj dite vazhdon e tjerret çështja e Gërdecit. Ndërkohë që askush nuk flet për të drejtën e detyrimin e drejtësisë shqiptare për t’u thelluar deri te përgjigja rreth pyetjes një milion dollarësh “Kush ishte i interesuar të ndodhte shpërthimi në Gërdec”? Qeveria, opozita apo shtete dhe qarqe anti-shqiptare në rajon e më gjerë? Kush ishin ata faktorë të brendshëm që bashkëpunuan me terroristët për të shkaktuar atë katastrofë, me qëllim që Shqipëria të mos bëhej anëtare e NATO-s?
Qeverisja e mandatit të parë të Partisë demokratike dhe të Sali Berishës pati një arritje të jashtëzakonshme, ndërtimin e autostradës së Kombit, e cila lidhi Kosovën me kryeqytetin e Shqipërisë, Tiranën. Nuk është e nevojshme të shkruaj unë rreth rolit të kryeministrit Berisha për ndërtimin e asaj që quhet “Rruga e Kombit”. Por duhet thënë se investimi prej më shumë se një miliard dollarësh me buxhetin e Shqipërisë për këtë rrugë nuk ishte imagjinuar as nga optimistët më të mëdhenj. Ajo rrugë u bë kryesisht me fondet e buxhetit të shtetit. Nuk kishte ndodhur kurrë më parë që një investim kaq i madh të bëhej pa kredi të institucioneve financiare evropianë dhe botërore. Kjo rriti besimin se “gjithçka është e mundur”, kur një qeveri është e përkushtuar për të zhvilluar dhe realizuar interesat e vendit e të kombit.
Ndërkaq sot diskutohet shumë rreth një pakti që ish-kryeministri Berisha bëri me kreun e opozitës, Edi Ramën, në vitin 2008. Sipas marrëveshjes së asaj kohe u ndryshua kushtetuta e vendit, ndryshime të cilat sollën procedura më të thjeshta për zgjedhjen e presidentit të Republikës dhe sistemin proporcional me lista të zgjedhjeve parlamentare. Kritikët e këtyre ndryshimeve kanë vënë në dukje se ndryshimi i kodit zgjedhor dhe kushtetutës në lidhje me zgjedhjet parlamentare kanë krijuar kushte për rritjen e autoritetit absolut të kryetarëve të partive, sidomos partive të mëdha dhe kanë zvogëluar mundësinë e konkurrimit të partive të vogla. Berisha është mbrojtur, duke thënë se ligjet dhe kodi zgjedhor janë të njëjta për të gjitha partitë e për pasojë edhe në kushtet e ndryshimeve të vitit 2008 ato nuk thellojnë pabarazinë. Në fakt kreu i mazhorancës së asaj kohe, pra Sali Berisha, e kishte bërë këtë lëshim të kërkuar nga kreu i opozitës, Edi Rama, një vit më parë, kur Rama kërcënoi se “nuk do të merrte” pjesë në zgjedhjet lokale të vitit 2007. Ai e kishte kushtëzuar pjesëmarrjen në zgjedhje me ndryshimet kushtetuese e në kodin zgjedhor, me qëllim që të merrte kontrollin autoritar të tij në Partinë Socialiste, ku asokohe nuk ndjehej i sigurt.
